2005 gab es in Japan insgesamt 726  Hochschulen, davon 87 nationale, 86 öffentliche und 553 private. Dazu kommen 488 Kurzuniversitäten, wovon 89,3% privat geführt werden. Öffentliche F&E-Aktivitäten in Japan werden nicht zentral gelenkt, sondern von verschiedenen Ministerien, Verwaltungseinheiten und Organisationen unabhängig voneinander organisiert und finanziert. Die Stellen legen ihre eigenen Programme auf und unterhalten verschiedene Forschungsinstitute. Japan hatte im Fiskaljahr 2006 insgesamt 1.022 gemeinnützige Institutionen und öffentliche Organisationen, die dem F&E-Bereich zugeordnet werden können, so Angaben des Survey of Research and Development 2007. In die Kategorie der gemeinnützigen Institutionen fielen 453 Einrichtungen, von denen sich 353 mit Naturwissenschaften und Ingenieurwesen beschäftigten. Von den 569 öffentlichen Forschungseinrichtungen befassten sich 500 mit Naturwissenschaften und Ingenieurwesen.